L’archivio, come indica la «Rubrica [...] sul risultato degli atti riordinati», risalente all’incirca a metà del secolo XIX, è formato da cinque serie, con la documentazione inserita in faldoni originali di detto riordino.

Serie I, «Beneficenza», suddivisa in due sottoserie:
- I.I, «Distribuzioni delle doti alle zitelle», 1 busta, 1661 - 1804 (ex busta T);
- I.II, «Distribuzioni delle elemosine», 3 buste, 1656 - 1676 (ex busta P), 1677 - 1745 (ex busta U), 1746 - 1798, con documenti fino al 1800 (ex busta O).

Serie II, «Bilanci», suddivisa in due sottoserie:
- II.I, «Bilanci preventivi e consuntivi», 1 busta, secc. XVII - 1821 (ex busta D);
- II.II, «Allegati ai conti consuntivi», 7 buste, 1661 - 1687 (ex busta E), 1717 - 1737 (ex busta G), 1738 - 1753 (ex busta H), 1754 - 1767 (ex busta C), 1768 - 1782 (ex busta L), 1783 - 1792 (ex busta M), 1793 - 1807 (ex busta N).

Serie III, «Opera pia», suddivisa in due sottoserie:
- III.I, «Istituzione e sua condizione»;
- III.II, «Legati annessi».
Non sono stati rinvenuti faldoni di questa serie.

Serie IV, «Patrimonio», con una sola busta denominata «Beni stabili. Acquisti, vendite libere ed enfiteutiche», 1703 - 1709 (ex busta F), corrispondente alla prima divisione di questa serie.
Dovevano esserci anche altre divisioni: «Impieghi ed esazioni di capitali attivi», «Capitali passivi ed estinzioni»; «Rendite fisse e sulle pubbliche banche».
A questa serie vanno aggiunti sette registri di amministrazione, come riportato nella Rubrica: «I registri delle entrate e delle uscite delle rendite dell’opera pia, siccome sarebbe troppo voluminoso il collocarli nelle cartelle, perciò si sono riposti in separati fasci sotto la nomenclatura Patrimonio», 2 buste, 1659 - 1794 (ex busta B).

Serie V, «Ufficio ed impiegati», suddivisa in tre sottoserie:
- V.I, «Ufficio ed impiegati», 1 busta, 1624 - 1817 (ex busta I);
- V.II, «Protocolli delle sedute», 2 buste, 1601 - 1759 (ex busta A);
- V.III, «Disposizioni generali di massima», 1 fascicolo inserito nella busta della sottoserie V.I, 1772 - 1804.

A questo fondo sono state unite altre due buste, una di «Carte sparse» (ex busta V) riguardanti l’opera pia ma quasi sicuramente appartenenti all’archivio della curia vescovile di Como e una del «Collegio Gallio» (ex busta S).