L'Archivio storico della diocesi di Como è stato istituito dal vescovo Alessandro Maggiolini, con decreto del 19 gennaio 1991, e contestualmente aperto al pubblico.
Fino al gennaio 2003 l'Archivio era collocato presso il palazzo vescovile, in piazza Grimoldi; a seguito dell'istituzione del Centro studi "Nicolò Rusca", è stato trasferito presso la rispettiva sede, all'interno del fabbricato del seminario vescovile, in via Baserga.